Fundado por el presbítero Pedro Barrantes Aldana, canónigo de la Santa Iglesia de Burgos, para la curación de pobres enfermos de cirujía, señaladamente de los que padecen males venéreos y otras enfermedades que no se curaban en otros hospitales de la ciudad. En 1627 Pedro Barrantes comenzó a poner camas en casas alquiladas para enfermos de cirujía. La casa-hospital fue construida en 1645 gracias a la dotación hecha por Jerónimo Pardo en su testamento, abad de San Quirce. Pedro Barrantes dejó al hospital a su muerte en 1658 una renta de cuatro mil ducados. El cabildo de la Catedral de Burgos fue su único patrono y exlusivo administrador. En virtud de reales órdenes parte de sus bienes fueron enajenados y dejó de cobrar los réditos de juros y censos que tenía. Burgos, imprenta de Pascual Polo.

Se inserta privilegio de Alfonso VIII de 15-7-1198 (1236 Idus July, era hispánica) por la que se concede las rentas de los diezmos del mar, y cartas de privilegio y confirmación de Alfonso X, Alfonso XI y Enrique III.